Troskirken er organisert som en stiftelse: Troskirken STI. Det gir tydelige rammer for ansvar, forvaltning og åpenhet.
Det økonomiske og juridiske ansvaret ligger hos styret. Styret forvalter eiendom, budsjett og ansettelser, og sørger for at virksomheten drives i samsvar med stiftelsens formål og gjeldende regelverk.

Lederteamet har ansvar for det åndelige lederskapet i menigheten. Det ledes av hovedpastor og har ansvar for teologi, undervisning og den daglige driften av menighetsarbeidet. Styret og lederteamet utgjør sammen en todelt ledelsesstruktur – der åndelig og praktisk ansvar balanseres og bæres i fellesskap.

Alle medlemmer i Troskirken inviteres årlig til årsmøte. Der gis det innblikk i arbeidet som har vært gjort, planer fremover, og mulighet til å komme med innspill.